根据美国自然医学学院协会 (Association of Accredited Naturopathic Medical College) 的观点，"自然医学是以原则为准，而非方法或者手段。所有原则的准则就是，我们尊重人体会有自我修复及重生的智慧。＂ “自然疗法”的秘密在于以各个病体不同的改变了的生物钟规律制定不同的作习时间，并其它一切都以此展开。 通过气功中的静功或放松功锻炼是一种人类可以了解自己内体的状态从而找到并调理自己变化了的生物钟节律的很好方法。{来源请求}

自然医学的中心观点，以及方法论点，有时会和现代医学－以科学观点为根据的医学－相冲突。例如，许多自然医学家反对疫苗注射，即是以自然医学立论基础的中心思想来推演出的。

过去，自然科学并未广泛被医学界与科学界接受，有时甚至被指为是伪科学。例如顺势疗法，按摩疗法，芳香疗法，高倍活血镜检，自律神经检测以及虹膜学，就曾被部份人士认为是伪科学。

根据美国癌症学会于2008年的声明，＂目前所有的科学根据，无法证明自然疗法可以治愈包括癌症在内的诸多疾病；因为自然医学至今没有整体的科学统计及研究被发表出来。＂{来源请求}

根据Journal of Alternative and Complementary Medicine (另类及替代医学期刊)的文章，自然医学于科学界缺乏足够的科学证据来自我证明。

巴尔的摩的临床化学期刊就曾指出，＂非以科学为根据的医疗提供者，包含自然医学家，使用非科学的方法，或者以欺骗的方法，来欺骗没有足够医疗知识的大众。骗术不仅伤害人民，也种下了科学家对于研究自然疗法排斥的原因。＂{来源请求}

哈佛医学院教授Arnold S. Relman提到，自然医学教科书的内容不足以作为教科书材料，因为它无法提供许多常见疾病治疗方式的细节，过度夸大＂不太会有效的治疗＂的疗效，还有可能帮助药厂推销那些未经证实的草药。他下结论说，＂寻求自然医学治疗，风险大于实际可能效益＂。

自然医学的支持者，将历史追溯到古希腊希波克拉底。但是现代自然医学起源于19世纪，苏格兰的汤玛斯·艾利连森（Thomas Allinson）。于1895年，美国的约翰·锡尔（John Scheel）创造自然医学这个术语当成商标，随后被称为“美国自然医学之父”的宾尼迪·路斯特（Benedict Lust）买下。

目前承认自然医学的国家，主要是美国与加拿大。

北美

在加拿大的五省，美国的十五州及哥伦比亚特区，经过认可学院毕业的自然医学医师，可以以ND或者NMD来执业。其它区域的自然医学医师头衔并未被认可。{来源请求}

英国

英国的公立大学于2012年关闭他们的替代医学课程，包括自然医学。